Важную роль в организации работы кафедры и учебного процесса специализации играет Координационный совет, который является научно-консультативным межведомственным органом, определяющим основные направления стратегии и порядок финансирования деятельности кафедры и специализации ФизТехИ. Деятельность Совета направлена на повышение эффективности и качества обучения студентов и аспирантов в соответствии с государственной политикой информатизации общества. Совет осуществляет разработку и последующее развитие концепции и программы обучения по данной специальности и способствует ее реализации. Совет выполняет функции стратегического планирования целевых пpогpамм подготовки специалистов на кафедре, рассматривает проекты программ учебных курсов в области системной интеграции, менеджмента и использования новых информационных технологий, готовит предложения по выработке единой технической и экономической политики в этой области.

Совет осуществляет взаимодействие с заинтересованными организациями в подготовке специалистов по избранной специальности, рассматривает их предложения и дает рекомендации по подготовке и переподготовке кадров в области физико-технической информатики. В Cовет входят представители академических и отраслевых научно-исследовательских институтов и конструкторских бюро в России, представители основных заказчиков, руководители программ в области информатизации образования, руководители образовательных учреждений и высших учебных заведений, видные менеджеры, ученые и педагоги.

Учебный процесс организован в Научно-образовательном центре Института космических исследований Российской Академии Наук (НОЦ ИКИ РАН) в основном здании ИКИ РАН и в здании «стекляшки» у метро «Калужская», который обладает самой современной в стране компьютерной базой. Студенты слушают лекции в благоустроенных аудиториях Центра и выполняют лабораторные и практические работы в учебных классах Центра.

Планируется активное подключение студентов к участию в конкретных проектах, выполняемых подразделениями базовых предприятий.

Физико-техническая информатика — быстроразвивающаяся дисциплина, часто требующая быстрого освоения совершенно новой предметной области или теоретической дисциплины. Поэтому в рамках учебного плана предполагается регулярное приглашение крупных специалистов, в том числе и из-за рубежа, для проведения интенсивных курсов обучения в течение 10-12 дней.

В летний период планируется организация конкурсных студенческих проектов, спонсируемых ведущими отечественными и зарубежными научно-исследовательскими организациями (аналогично Summer Undergraduate Research Fellowship – SURF Caltex, или Samsung Software Membership Program).

Для студентов старших курсов и аспирантов планируется организовать зарубежную стажировку в ведущих исследовательских центрах, с которыми базовые предприятия имеют тесные контакты и выполняют совместные проекты. Уже имеется опыт организации такой практики, а также выполнение работ над магистерской диссертацией во Фраунгоферовском институте медиакоммуникаций, Санкт Августин, Германия и в Наньянгском технологическом университете Сингапура.